En el marc del Pla Barcino per la recuperació i posada en valor de la Barcelona romana que impulsa l’Ajuntament de Barcelona, es duu a terme des del 2011 un projecte de recerca arqueològica a la Basílica. El projecte és fruït d’un conveni entre l’Institut de Cultura de Barcelona i la Parròquia dels Sants Màrtirs Just i Pastor, i ha permès realitzar a la Basílica tres campanyes arqueològiques els anys 2011, 2012 i 2013.
La campanya d’aquest 2013 s’ha centrat en la nau de l’església gòtica, on s’ha pogut localitzar l’absis de la capçalera de l’església del segle VI que conserva, en el seu nivell inferior, una cripta funerària en bon estat de conservació. Aquestes restes són d’una gran importància per a l’estudi de la ciutat cristiana i visigoda i estan permetent ressituar el paper de Barcelona durant aquesta època.